Existen multitud de organismos e instituciones que influyen en mayor o menor medida en los procedimientos aduaneros entre los que podemos destacar los siguientes:
1. La Unión Europea (UE) y sus instituciones
Ya se ha indicado la influencia que tiene para el comercio exterior de España la pertenencia a la UE.
Sus organismos e instituciones principales son los siguientes: Parlamento (sus componentes son elegidos por los ciudadanos), Comisión (el gobierno de la UE), el Consejo Europeo (compuesto por los jefes de estado de los países miembros) y Consejo de la Unión Europea (formado por los ministros del área correspondiente en cada caso), Banco Central Europeo y Tribunal de Justicia.
A nivel más concreto podemos citar dos Direcciones Generales de la Comisión Europea con competencias relacionadas con la materia aduanera:
De todos estos organismos e instituciones comunitarios emana la normativa que regula los procedimientos aduaneros que es Derecho comunitario y que prima sobre las leyes nacionales.
2. Organismos nacionales
Podemos citar entre los más importantes:
3. Organización Mundial del Comercio (OMC)
Organización internacional encargada de velar por el librecomercio y para que las normas que regulan el comercio internacional se debatan y armonicen en un organismo de negociación multilateral. Aglutina a la mayoría de los países y tiene un sistema de solución de controversias. Los avances de las negociaciones fuera del seno de la OMC le están haciendo perder protagonismo.
4. Organización Mundial de Aduanas (OMA)
Organismo internacional que ayuda al desarrollo de reglas y procedimientos aduaneros normalizados a nivel global de forma que se facilite el comercio internacional desde la perspectiva aduanera. Entre otros logros estableció el Sistema Armonizado de Designación y Codificación de Mercancías que cusan la mayoría de los países para clasificar las mercancías a efectos aduaneros y arancelarios.
5. Cámara de Comercio Internacional (CCI)
Organización que representa los intereses empresariales a nivel global. Algunas de sus aportaciones a la gestión del Comercio Exterior son la actualización periódicas de las reglas Incoterms, su corte de arbitraje internacional y sus oficinas de crimen comercial y falsificación.